藏传佛教各教派之间的主要不同点有以下两个方面:
  一、各个教派所修法的经典、法的种类、教授传承不同,形成了各自的修学重点和特色。
  二、在正见的认识方面各教派之间存在分歧。自古以来佛教内部各教派之间在皈依三宝、持戒、行善等事法方面没有什么差别,但在涉及空有等哲理正见方面存在众多分歧。产生这种分歧的原因有两个方面:一是客观上的原因。理谛是高度抽象的认识境界,是超思维和语言的境界,故言“真实理谛非分别思维对象”。
  二是从主观上讲,人类的一般分别思维对超理性的真理很难理解,再加上人们的认识能力、研究的深入程度、学识等方面的差别,对同一句经文、概念就会产生不同的理解,因此产生了他空、自空、非空非有、非思言境等许多不同的理解和解释。这是各教派相互争论不休的主要焦点。