西藏医学的基础理论与西方医学截然不同，其中部分与中医理论是相符的，但又有部分独特的概念。
　　在西藏医学中，对胚胎形成之过程有极为精确的描述。在古西藏的医典中，早有记载妇女受孕及胚胎自受精始每周的发育情况。这些详尽细致的描述，令现今的西方医学家也深表惊讶。
　　对死亡的过程，西藏也有甚为精确的学问。对佛教徒来说，预先了解临终的过程细节其实是很重要的。在西方，很多人都喜欢向西藏僧人及医师讨教有关死亡的过程。但在东南亚，很多人对谈论死亡有些忌讳，所以我们现在就不谈这方面了。
　　对人体解剖生理学，藏医体系中也有很准确的资料。藏医学把人体区分为七种基质及三种秽质：血、唾液、脂肪、肌肉、精、骨及骨髓为七基质，汗、尿及粪便为三秽质。这些物质在体内有一定的量，过多或过少及相互间之平衡失调都会引致疾病。此外，藏医对人体骨骼结构、五脏六腑及肌肉组织等的学问也完整而准确，与现代科学研究结果不谋而合，但这些学问却比西方科学早了千多年就形成了。
　　在藏医学中，经络系统是很重要的一门学问，这一点与中医学是相似的。经络可以被归纳为黑脉与白脉两组。黑脉又分为跳动脉与不跳动脉两类，全部由心部向身体各部分伸展。白脉源自脑部，如榕树根般向下延伸而遍布全身。这些经络，是藏医学的关键。在放血或针灸时，都必须依据经络系统学问而进行。身体及精神上的病症，也大多与经络有直接的关系。
　　人体的生理与心理功能由三大元素所维持，即“隆”（loong）、“赤巴”（tripa）及“培根”（beygen）。这三种元素的形成与地、水、火、风四大元素有直接的关连。在正常健康的情况下，三者是相互平衡而协调地运作的。如果有内在因素（年老等因素）或外在因素（季节变化、起居饮食等因素）导致这三者之一或几种过盛或过弱，三者的平衡状态便会失调，从而引致七基质及三秽质之不平衡，进而演变成身心的病症。藏医的工作，便是透过施药或其它疗法把各元素调整至本来之协调平衡状态，从而令身体重获健康。
　　“隆”是推动人体机能的动力。它基本上就等于中医学中所说的“气”，但在细节定义上或许有些微的异处。肉眼虽然看不到气的存在，但它是的确存在的一种元素。它无形态、无味、无色，但可以由脉诊等方法探测得知。气的原始形态是四大元素中的风大。即使在这间讲堂中，也充满了风大，只是我们看不见而已！风大是四大元素中最重要的一个，它是整个宇宙运作的基础，例如星体运作之轨迹、速度及相互间之适当距离等都是由风大这元素所维持的。
　　身心的各种病患，大多都与气有关连。在医学上，如果不承认气的存在，或对它的认识不够，任何诊断及治疗顶多只能达到次等的水平。所以，一个对气缺乏认识的医学体系，并不能说是一个完整的理论体系。西方医学现今已达到极高的水平，有极多科学仪器，又能做到很多传统医学办不到的事情，但却偏偏缺乏了对气的认识。如果西方医学有一天承认了气脉的存在，配合气脉学问及西医的先进科技，肯定会令人类医学发展达到想象不到的水平！
　　气充斥于人体内所有部位，聚集于脑、心及骨骼中而运行于体内之经脉。它维持肢体活动、呼吸、思维感觉、排泄、分解食物及血液之循环。气又可细分为五种：持命气、上行气、遍住气、下泄气及伴火气。持命气支配吞咽、呼吸等动作及五官之反射，与精神心智有直接关连。上行气支配口语及记忆力。遍住气游走于全身而支配肢体动作及面部表情等。下泄气在肛门、大肠、膀胱等部位运行，支配大小便排泄、精液的生产运输及妇女分娩等功能。伴火气运行于胃、肝、肠及膀胱之范围，支配消化食物及运送营养等人体功能。
　　“赤巴”的功能是调节体温及主持消化。洋人多把“赤巴”译为“胆汁”（bile），衲认为这是不正确的译法。“赤巴”是一种元素、一个概念，它的确与胆汁有关，却并非一种如胆汁般的实质。有些研究过中医学的弟子说，藏医学所说之“赤巴”概念等同中医学中所说的“火”，这说法似乎是正确的。
　　“赤巴”本身有热的特性，由四大元素中之火大所产生，它又可细分为五种：能消赤巴、变色赤巴、能作赤巴、能视赤巴及明色赤巴。能消赤巴位处于胃部，支配消化及产生热能。变色赤巴住于肝脏，血液、粪便及胆汁中的色素是由它产生的。能作赤巴位于心部，与情绪变化有关连。能视赤巴位于眼部，令眼睛感官有辨别观视之功能。明色赤巴遍布于人体表皮，支配皮肤光泽及气色。

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