觉囊派承认“胜义”有,即承认有真常本性,这一点与宁玛、噶举、萨迦相同,但宁玛、噶举承认是真本性,无相寂灭非空非有,则既不可说空,也不可说有,非断非常,不断亦不常之意,更无有自空他空的词语,但觉派则认为胜义有,说得太实,可能就有问题。他们与格鲁应成派主张胜义、世俗皆是缘起性空,"毕竟空”成为针锋相对之教敌。这是空有之争在藏传佛教中的继续。
  宁玛、噶举,萨迦承认真常本性其体但有空明,至于本性德能,则属体的相用之事,相用就是佛的智慧德相,妄用则为三有轮涅,用可随缘,但体即是一而不动。相用所化虽有,如幻,非实有。觉囊派认为佛的智慧德相属本具,亦是胜义实有(《他空精义》236页),乃至推到密乘的本尊,坛城,印契,种子字等皆属本具实有,那胜义有成为有形有实物,有定处的了。这点颇引起各派争议。宁玛、噶举均认为除空明外均为幻化,非究竟真实。笃补巴说:"法身功德是本具,非缘生法,是无为”。格鲁派不承认如来藏,更不承认什么本具功德,应成派认为从色法乃至一切种智(佛)均是假名安立。佛的一切智德均是由培积资粮缘起所生,他们认为本体就是绝对的空,承认胜义有就是涅实有论。觉囊派批判这种空是把一切有为无为皆空,空无所有的顽空,是无遮断空,世俗空,是真性绝灭论。法身本具一切功德,属智慧观照之境,非凡情可以测度。(《他空庄严论》149页)
  二谛是一法的两面,他们的世俗自空论,是把胜义和世俗完全分开,二谛应当是同源,宁玛派认为是真妄是体用元成的关系,噶举认为妄念为法身波是俱生的关系,都是真妄同源论,觉囊派虽说如来藏是万有依托之根,但是世俗自空,使真妄隔绝了,这就是他们与他宗不同之处。
  还有,觉囊派是从唯识发展起来成为一派自称为大中观派。他们和唯识不同之处是唯识承认外境是无,内心实有。觉囊认为否认外境可以破小乘微尘无分的实有论,立识有作为万法所依之根,可以破中观的一切皆空论。但“识”亦是世俗心,世俗假有无实,是自空,执世俗有实属常见。又说一般中观立缘起假名,无自性是毕竟空则全无所依之根,执胜义空,属断见。他们认为世俗空后必有所依之总根,此根则最初法界,本元光明之如来藏为胜义有,此根不可能断。“世俗空可以除常见,胜义有可以除断见”故无论中观唯识皆未能离断常二边,本派才是远离二边之了义大中观,作为本派的不共之特点。
  《土观宗派源流》代表应成派批判觉囊派“如来藏遍一切情器,恒常坚固”(该书119页)说这同外道梵声论的梵我相似。其实觉囊所说如来藏光明觉性,重在证悟自心本性,并非求证外道之神我。如来藏虽为万法所依托处,但它是无为法,并不安排主宰世间一切万有,不同于梵神。该书又说觉囊说解脱世俗自空唯余胜义,为神我独存,类似外道数论派(该书119页)。详细研究起来数论所说之神我系一种未离业识之世俗我相,这样的精神实体,如何能与解脱了的无我的真如本性相比。而且觉囊派说的解脱是“断去业烦恼不令新生,旧有者皆令其从速现行,如此三界轮回之苦尽后觉性无垢清净,此则名为解脱”(《讲解甘露》383页)。似乎与土观所说神我独存并不相同。
  觉囊派在建立宗见理论上,似有偏颇之处,故引起非议,但他们说胜义有也非全属理论,而是通过实践证验的。宇宙内包罗有色心二法(精神和物质),二法必有一个最高的依托处,色心万法,生灭变化无常,此依托处必是真常不变的。说依托处是什么?觉囊派属心宗,必然认定是心,此心指真心。他们的《时轮》内、外、密三世界,都包含在密世界的心中,这心就是清净的如来藏。因此如来藏成为了万有的本体了。认为有个本体即等同于梵论的外道,觉囊派对世俗一切法承认是缘起,不承认有什么创世主,如来藏的提法或者与梵论派相似,相似不等于即是。不能就某一部份相似就指为是什么,那么小乘同于胜论,唯识与密宗同于数论,中观应成派同于遍入天派,中观自续派同于自在天派(《他空论》159页)。
  如来藏万有所依,万有是缘起所生,没有主宰者,如来藏不是生万有,更不是什么精神实体,这样认为就是外道的“梵论”?他们说有真常本性胜义有,即指为是外道之梵我,那么内地的天台,华严,禅宗均为心宗,共同承认有真常本性,岂不都成了梵我论的外道了么。